Das alterações e inovações de maior relevo respeita à reengenharia dos destinos e regimes aduaneiros. Acerca deste aspeto, recordamos, existiam no CAC, cinco destinos aduaneiros, a saber a sujeição de uma mercadoria a um regime aduaneiro, a sua colocação numa zona franca ou num entreposto franco, a sua reexportação do território aduaneiro da Comunidade, a sua inutilização e o seu abandono à fazenda pública e no que se refere aos regimes aduaneiros encontravam-se descritos nove, designadamente a introdução em livre prática, o trânsito, o entreposto aduaneiro, o aperfeiçoamento ativo, a transformação sob controlo aduaneiro, a importação temporária, o aperfeiçoamento passivo e a exportação. No CAU passará a existir três regimes aduaneiros (e desaparecem os destinos aduaneiros). Os regimes aduaneiros serão somente três, a introdução em livre prática, os regimes especiais e a exportação.

Os regimes aduaneiros especiais estão divididos em quatro subespécies ou categorias, o trânsito (onde se inclui o trânsito interno e o trânsito externo), o armazenamento (englobando o entreposto aduaneiro e as zonas francas), a utilização específica (que abarca a importação temporária e o destino especial) e o aperfeiçoamento (que compreende o aperfeiçoamento ativo e o aperfeiçoamento passivo).

Com esta requalificação, é deixado de fora a reexportação, a inutilização e o abandono   (que deixam de ser um destinos aduaneiros).

Outra das novidades, respeita ao depósito temporário que passa a ter um “regime” bem detalhado, com inovações ao nível da obrigatoriedade de prestação de garantia, do prazo de permanência das mercadorias (90 dias para todas as situações) e da circulação entre armazéns de depósito temporário (circunstância que até aqui só era através da submissão ao regime aduaneiro de trânsito externo).

Finalmente, não poderíamos deixar de considerar aqui as alterações produzidas quer em sede da dívida quer das garantias aduaneiras.

Face à requalificação dos regimes aduaneiros, houve necessidade de se proceder também a uma nova abordagem da constituição e dos factos constitutivos da dívida aduaneira. Porém a maior inovação respeita sem dúvida à cobrança da dívida aduaneira. Na realidade, o novo Código aponta neste aspeto para que a notificação ao devedor deixe de estar dependente da liquidação do tributo, devendo ser efetuada assim que as autoridades aduaneiras se encontrem em condições de determinar o montante dos direitos de importação ou exportação (quando for caso disso). Sacrifica-se assim a certeza tributária em prol da celeridade na cobrança.

Como referimos já, introduzem-se também alterações ao nível das garantias aduaneiras. Com um objetivo muito claro de aproximar o regime geral de garantias aduaneiras ao regime de garantias previsto para o regime aduaneiro de trânsito, consagrou-se que a garantia da dívida aduaneira deva cobrir não apenas os montantes relativos aos direitos de importação e exportação, mas adicionalmente quaisquer outras imposições decorrentes da importação ou exportação das mercadorias (encontrem-se estas declaradas ou não ). Esta garantia pode ainda ser usada, antes de liberada, para a cobrança de quaisquer montantes devidos na sequência de um controlo a posteriori .

Permite-se ainda, que várias garantias globais sejam válidas para mais do que um regime aduaneiro.

O CAU já regulamentado por dois instrumentos legislativos, designadamente o Regulamento delegado (UE) 2015/2446 da Comissão, de 28 de julho de 2015, que completa o Regulamento (UE) n.º 952/2013 do Parlamento Europeu e do Conselho, com regras pormenorizadas relativamente a determinadas disposições do Código Aduaneiro da União e o Regulamento de execução (UE) 2015/2447 da Comissão, de 24 de novembro de 2015 que estabelece as regras de execução de determinadas disposições do Regulamento (UE) n.º 952/2013 do Parlamento Europeu e do Conselho que estabelece o Código Aduaneiro da União.